O projeto Nota Fiscal eletrônica utiliza certificados digitais X509, tipos A1 ou A3, emitidos por qualquer [1] Autoridade Certificadora credenciada pela Infra-estrutura de Chaves Públicas Brasileira - ICP-Brasil.

O certificado digital deve conter a extensão otherName  OID=2.16.76.1.3.3 com o CNPJ do titular do certificado digital.

É altamente recomendável que os emissores de NF-e adquiram certificados digitais específicos para emitir NF-e, evitando o uso do certificado digital e-CNPJ que é utilizado em outras atividades da empresa, a não ser que a empresa emita uma quantidade pequena de NF-e diária e consiga conciliar o uso do e-CNPJ.

O certificado digital recomendado é do tipo PJ-mútiplo, que algumas AC chamam de certificado digital da NF-e.

Os certificados digitais tipo A3 podem apresentar alguma incompatibilidade com UNIX e java, assim é recomendado que verifique se o token ou smartcard é compatível com o seu ambiente e equipamento.